Orgán státu, který má přístup k utajovaným informacím cizí moci, musí mít zřízen Registr utajovaných informací (dále jen „Registr“). V Registru Úřadu jsou odděleně evidovány utajované dokumenty NATO, EU a ostatních subjektů cizí moci (dále jen „OSCM“), přičemž Registr je jednou ze specializovaných spisoven.

Doručené utajované dokumenty cizí moci jsou předávány k zaevidování do Registru. V případě vytvoření vlastního utajovaného dokumentu cizí moci si zpracovatel vyžádá číslo jednací (tvar může být např. D123/2024-NÚKIB/NATO) z jednacího protokolu Registru a jeho prostřednictvím také zajistí odeslání tohoto dokumentu.

Registr je zřízen v objektu Praha-Olšanská a vede evidenci dokumentů a spisů jako samostatný spisový uzel odděleně v eSSl v rámci VIS. Registr zabezpečuje vedení seznamů zaměstnanců (Přístupové seznamy), kteří se mohou v rámci Úřadu seznamovat s utajovanými dokumenty NATO, EU a OSCM.

Dokumenty NATO jsou Úřadu distribuovány na základě smlouvy mezi NÚKIB a NBÚ elektronickou cestou (IS CRONOS). Tyto dokumenty do stupně utajení „D“ (včetně) jsou ukládány v elektronické podobě ve vnitřní síti (VIS) v adresáři „Spolecne S:\SR-Distribuce z Ústředního registru“. Dokumenty stupně utajení „T“ zůstávají uloženy v IS CRONOS a jsou tištěny pouze na požádání.