Orgán státu, který má přístup k utajovaným informacím cizí moci, musí mít zřízen Registr utajovaných informací. V Registru utajovaných informací Úřadu jsou odděleně evidovány utajované dokumenty NATO, EU a ostatních subjektů cizí moci. 

Doručené utajované dokumenty cizí moci jsou předávány k zaevidování do Registru. V případě vytvoření vlastního utajovaného dokumentu cizí moci si zpracovatel vyžádá číslo jednací z jednacího protokolu Registru a jeho prostřednictvím také zajistí odeslání tohoto dokumentu. 

Na webových stránkách Národního bezpečnostního úřadu jsou zveřejněny aktuální předpisy, jimiž se řídí ochrana utajovaných informací EU a NATO.